phpmyadmin открывается по HTTP вместо HTTPS

В файле /usr/local/mgr5/etc/conf.d/myadmin.conf вместо текущей строки с extaction phpmyadmin указываем строку вида

extaction phpmyadmin https://$site/phpmyadmin/
после неё сразу добавляем

path phpmyadmin-redirect https://$site/phpmyadmin/
так как бывают случаи, что после релоада панелька всё равно пытается открывать phpmyadmin по HTTPS.

В /etc/phpMyAdmin/config.inc.php добавляем

$cfg['PmaAbsoluteUri'] = 'https://'.$_SERVER['SERVER_NAME'].'/phpmyadmin/';

Перезапускаем ISPManager 5

/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr exit
и веб-серверы

nginx -t  && service nginx restart 
service httpd configtest && service httpd restart