phpmyadmin открывается по HTTP вместо HTTPS
В файле /usr/local/mgr5/etc/conf.d/myadmin.conf вместо текущей строки с extaction phpmyadmin указываем строку вида
extaction phpmyadmin https://$site/phpmyadmin/
path phpmyadmin-redirect https://$site/phpmyadmin/
В /etc/phpMyAdmin/config.inc.php добавляем
$cfg['PmaAbsoluteUri'] = 'https://'.$_SERVER['SERVER_NAME'].'/phpmyadmin/';
Перезапускаем ISPManager 5
/usr/local/mgr5/sbin/mgrctl -m ispmgr exit
nginx -t && service nginx restart
service httpd configtest && service httpd restart